シャーロック少年は、ホームズ荘の家政婦が、叔父と叔母を恐喝していることを知る。そこで、親友マティとともに、恐喝屋の根城に乗りこみ、ゆすりのネタを粉砕し、家政婦を即刻解雇することに成功した。また、シャーロックたちは、とつぜん消えた家庭教師クロウとその娘バージニアの行方を追って、エジンバラに向かう。暗号解読によって、ふたりの隠れ家をつきとめたものの、追っ手がやってきて火を放つ。シャーロックたちは、炎の嵐のなかを散り散りになって逃げまどう……。

一切会話をしてはいけないという風変わりなクラブ「ディオゲネス・クラブ」の密室で起こった殺人事件。逮捕されたのは、シャーロック少年の兄、マイクロフト！　兄の無実を証明するため、証拠集めに走るシャーロック。だれが兄を陥れたシャーロック！

終結を迎えたアメリカ南北戦争も、いまだ火種はくすぶり、敗れた南部側ではひそかに抵抗を呼びかける者がいた。その首謀者とされるのが、リンカーン大統領の暗殺犯、ジョン・ウィルクス・ブース。射殺されたはずのブースが、実は生きていて、イギリスに逃亡中だというのだ。14歳の少年シャーロックは、ブースのアジトをつきとめ、そこで意外な真実を知るが、シャーロックの相棒・マティがさらわれてしまう。シャーロックは、マティを救い出し、アメリカの内戦再熱を阻止できるのか!?　

1868年、夏。14歳のシャーロック・ホームズは家なき子・マティと出会う。マティは、死人が出た家の窓から奇妙な黒い煙がたちのぼるのを見たという。死人の顔が真っ赤に腫れあがっていたことから、町はペスト再来の恐怖におびえている。しかし、ペストだとすれば、黒い煙の正体は一体......。はじめての友達、はじめての冒険、はじめての推理、はじめての恋......。自他ともに認めるコナン・ドイル・マニア、アンドリュー・レーンが描き出す、かの名探偵の少年時代。コナン・ドイル財団公認作品！

姉の婚約者が失踪！？　謎を追うシャーロックは、エジプトのスエズ運河へと導かれ、世界を揺るがす大事件に巻き込まれていく。