シーモアは喫茶店に住んでいる小さなねずみの男の子。うまれてこのかた、お店の外に出たことがありません。ある日の夜、いつものように店主が残してくれたチーズケーキを食べようとすると、１冊の黄色い本が落ちてきました。ページの間から現れたのは、紙のようにペラペラのねずみ！ そのエニモは「本の中」にシーモアを誘います。思いきって飛びこむと…そこには、まだ見たことのないいろいろな世界が広がっていたのでした。旅から戻ったシーモアが気づいたこととは…？